Die Organisation der DEZA basiert auf einer humanitären, einer multilateralen, einer thematischen sowie drei geografischen Abteilungen. Des Weiteren unterstützen und beraten die Abteilung Grundlagen und Qualität, die Sektion Finanzberatung und Risikomanagement, die Fachstelle Kommunikationsmanagement sowie das Sekretariat BK IZA die gesamte DEZA.