Das SSA prüft, ob die rechtlichen und technischen Registrierungsvoraussetzungen erfüllt sind und erteilt den Gesuchstellern den Flaggenschein. Zum Eintrag berechtigt sind schweizerische Privatpersonen und Vereine, die die Sport- und Vergnügungsschifffahrt zum Ziel haben. Zurzeit fahren rund 1600 Hochseejachten der CE-Entwurfskategorie A oder B unter schweizerischer Flagge. Sie dürfen ausschliesslich für die Sport- und Vergnügungsschifffahrt benutzt werden. Der gewerbsmässige Transport von Menschen und Gütern ist nicht erlaubt.
Der Flaggenschein gilt für die Schifffahrt auf See und in ausländischen Gewässern. Grundlage für dessen Ausstellung ist Artikel 5 der Verordnung über die schweizerischen Jachten zur See vom 15. März 1971 (Jachtenverordnung; SR 747.321.7).
Als hochseetüchtig gelten in der Regel Jachten mit bewohnbarer Kabine und selbstlenzendem Cockpit, die nach den Richtlinien des SSA ausgerüstet werden können.
Ohne Schweizer Flaggenschein darf die Schweizer Flagge zur See nicht geführt werden. Zuwiderhandlungen sind nach Artikel 143 des Bundesgesetzes über die Seeschifffahrt unter der Schweizer Flagge (SSG; SR 747.30) strafbar.
Insbesondere sind die Bestimmungen der Jachtenverordnung einzuhalten, wonach der gewerbsmässige Transport auf schweizerischen Jachten untersagt ist (Art. 17 JV) und eine Jacht Dritten nur ausnahmsweise zur Benutzung überlassen werden darf (Art. 18 JV).