Molto spesso i progetti vengono scelti mediante una gara pubblica. In linea di massima il Paese partner è libero di scegliere a quale progetto iscriversi. La Svizzera esamina le proposte di progetto e decide in merito al finanziamento.

Molti Paesi scelgono i progetti nell’ambito di una procedura di gara pubblica. Le proposte di progetto possono essere presentate dalle istituzioni pubbliche dei Paesi partner (p.es comuni, autorità regionali e nazionali o organizzazioni internazionali). Di norma alla selezione delle proposte di progetto partecipa anche un comitato consultivo composto da ministeri tecnici, autorità regionali e locali, organizzazioni non governative e rappresentanti del settore scientifico e privato. Nella fase di approvazione dei progetti la Svizzera si occupa anche di trovare istituzioni partner per i progetti in questione e di promuovere così la condivisione di esperienze.