In vielen Fällen erfolgt die Projektauswahl im Wettbewerbsverfahren. Grundsätzlich ist das Partnerland für die Auswahl geeigneter Projekte zuständig. Die Schweiz prüft die Projektanträge und entscheidet über die Finanzierung.

Viele Länder wählen die Projekte im Wettbewerbsverfahren aus. Öffentliche Institutionen in den Partnerstaaten (zum Beispiel Gemeinden, regionale und nationale Behörden oder internationale Organisationen) können Projektanträge einreichen. In der Regel unterstützt ein beratendes Komitee bestehend aus Fachministerien, regionalen und lokalen Behörden, Nichtregierungsorganisationen, Wissenschaft und Privatwirtschaft die Auswahl der Projektvorschläge. In der Projektgenehmigungsphase ist es der Schweiz auch ein Anliegen, Schweizer Partnerinstitutionen für die Projekte zu gewinnen und so den Erfahrungsaustausch zu fördern.