La sélection des projets se fait la plupart du temps par voie de concours. Les projets appropriés sont sélectionnés par le pays partenaire. La Suisse examine quant à elle les propositions et décide du financement.
Bon nombre de pays optent pour un système de concours. Les institutions publiques des pays partenaires (p. ex. des communes, des autorités régionales et nationales ou des organisations internationales) peuvent déposer des propositions de projet. Généralement, un comité consultatif composé de représentants de ministères spécialisés, d'autorités locales et régionales, d’organisations non gouvernementales, du monde scientifique et de l’économie privée apporte son soutien dans la sélection des propositions. Dans la phase d’approbation du projet, la Suisse s’attache à attirer des institutions partenaires helvétiques pour favoriser l’échange d’expériences.