După prăbușirea Uniunii Sovietice, Elveția a stabilit relații diplomatice cu Republica Moldova în 1992.

În anul 2000, Agenția de Dezvoltare și Cooperare a Elveției a deschis un birou de cooperare la cererea autorităților moldovenești. Din 2000 până în 2008, biroul s-a concentrat în principal pe ajutorul umanitar. Din 2005, Elveția implementează și cooperarea pentru dezvoltare în principal pe 3 domenii cheie - Sănătate, Dezvoltare Locală și Cooperare Economică. 

De-a lungul timpului, asistența umanitară a Elveției a inclus renovarea căminelor de bătrâni și a clinicilor de psihiatrie, pe lângă ajutorul de urgență, furnizând lapte praf instituțiilor sociale. În urma războiului Rusiei cu Ucraina și declanșarea crizei refugiaților în R. Moldova, Elveția a contribuit cu ajutor umanitar atât cu o contribuție financiară directă, cât și prin suplimentarea proiectelor aflate în desfășurare.