В качестве официального представительства Швейцарии за рубежом Посольство Швейцарии в Кыргызской Республике занимается всеми вопросами, связанными с дипломатическими отношениями между двумя странами, а также координирует швейцарские проекты, которые реализуются и финансируются в Кыргызстане двумя федеральными агентствами Правительства Швейцарии – Швейцарским управлением по развитию и сотрудничеству (SDC) и Государственным секретариатом Швейцарии по экономике (SECO).  

Швейцария поддерживает Кыргызстан в экономических, социальных и политических преобразованиях. Основная цель швейцарского сотрудничества – это продвижение мира и общественного согласия, поддержка государственных институтов, отвечающих нуждам граждан и включающим их в процессы принятия решений, а также содействие устойчивому развитию для улучшения благосостояния населения.