在许多个世纪里，天主教曾经决定了瑞士基督教的形态。而随着宗教改革的进行，居民的身份认同也经历了翻天覆地的变化。如今，罗马天主教徒和福音派新教教徒仍是瑞士规模最大的两个宗教群体。

基督教的传播

基督教从公元四世纪起沿着罗马帝国的路径在瑞士传播开来，各个主教教区应运而生。这些教区无不拥有大量的土地，深刻影响着农业发展和政治生活。公元七世纪出现了修道院，它们逐渐成为重要的学习和文化中心。从十三世纪开始，教会的权力日益受到排挤，特别是宗教改革和后来问世的瑞士《联邦宪法》，后者长期将神职人员排除在政治生活之外。

如今，瑞士的基督教由两大历史悠久的大众教会主导，即罗马天主教会和福音派新教教会。1970年时，分属基督教各种派别的基督徒尚占瑞士总人口的98%。不过，从1970年起，尽管得益于南欧移民迁入瑞士，全国人口中罗马天主教信徒所占比例相对保持稳定，但是福音派新教教徒的比例则大幅下滑。越来越多的人自认不属于某一特定宗教派别。

天主教

在中世纪的瑞士，天主教曾经一家独大，直到受到宗教改革运动的沉重打击。后来，天主教会通过内部改革而重新复兴：耶稣会创建了包括学院和大学在内的天主教教育体系，卡普清修会提供牧灵服务。那一时期建立的圣加仑修道院图书馆和档案馆，如今已成为联合国教科文组织指定的世界文化遗产。

在历史事件、政治变革和现代影响的塑造下，天主教会已经发展成为一个稳定而多样化的宗教派别，在某些地区仍然颇具影响力。

瑞士总人口的三分之一以上是罗马天主教的信徒，他们构成了全国最大的宗教派别。天主教徒占全州人口比例最高的几个州是乌里、瓦莱、上瓦尔登和内阿彭策尔。瑞士的罗马天主教会分为六个主教教区，其首府分别为索洛图恩、弗里堡、锡永、库尔、圣加仑和卢加诺。主教直接受教皇领导。

新教

十六世纪初，瑞士的城市和乡村居民都要求获得更多的自治权和对公共事务的参与权。苏黎世的乌尔里希·茨温利和日内瓦的让·加尔文这两位宗教改革家，帮助世俗官员摆脱天主教会主教的掌控。轰轰烈烈的宗教改革运动，特别是加尔文主义，在欧洲迅速传播开来。瑞士是当时最重要的宗教改革中心之一。

新教特别强调理性主义和勤劳。因为所有信徒都必须了解圣经的内容，因此实现了包括妇女在内的全民扫盲，从而全面提升了人民的受教育水平。新教的道德观对瑞士人的身份认同发挥了决定性影响。尽管在宗教改革过程中发生过冲突和紧张局势，但是，宗教改革运动最终还是进一步强化了瑞士各地区之间的关系。

新教信徒目前占瑞士总人口的五分之一。在伯尔尼、外阿彭策尔和沙夫豪森这几个州，新教教徒都占全州人口半数以上。

福音派新教教会以各州为组织单元，受教会代表大会和教会代表委员会的领导。福音派新教教会与一些自由教会一起，共同组建了瑞士福音派新教教会联合会。