Les traités interétatiques portant sur la coopération transfrontalière prévoient souvent la constitution d’une commission intergouvernementale, dont le but est d’échanger des informations et d’élaborer des recommandations à l’intention des autorités nationales. Le DFAE mène en outre, depuis 2005, un dialogue politique sur la coopération transfrontalière avec les ministères des affaires étrangères français et italien.

Certains accords sur la coopération transfrontalière prévoient des commissions intergouvernementales conduites par des services d'État. Elles facilitent si nécessaire l’échange d'informations et formulent des recommandations à l’intention des autorités nationales.

La Commission intergouvernementale franco-germano-suisse pour la coopération transfrontalière dans la région du Rhin supérieur en constitue un bon exemple. Des représentants régionaux et nationaux se réunissent au sein de cette commission sous l’égide des ministères des affaires étrangères des trois pays. La commission intergouvernementale traite une vaste palette de questions de voisinage qui se posent dans une région frontalière. Elle peut formuler des recommandations à l’intention des gouvernements nationaux, mais elle est dépourvue de toute compétence décisionnelle. Au niveau régional, la commission intergouvernementale trouve son équivalent dans un comité transfrontalier, la Conférence du Rhin supérieur, au sein de laquelle les cantons concernés jouent un rôle essentiel côté suisse.

Liste des commissions transfrontalières

Dialogues transfrontaliers

Depuis 2005, des dialogues sur la coopération transfrontalière sont menés avec les ministères des affaires étrangères français et italien. Ils ont lieu une fois par an en alternance en Suisse, en France ou en Italie. Conçus d’abord uniquement sous une forme bilatérale, ces dialogues ont peu à peu été étendus aux cantons concernés et aux régions limitrophes en raison de la répartition des compétences qui prévaut en Suisse. Le DFAE organise les dialogues au nom de la Suisse. L’ambassadeur ou l’ambassadrice chargé/e de la coopération transfrontalière dirige la délégation suisse, composée de représentants des cantons concernés ainsi que des départements compétents pour les différents thèmes traités.