Der erste Schweizer Gesandte in Berlin war der Glarner Joachim Heer. Der Bundesrat hatte vorgesehen, dass er sich als Vertreter der Schweiz nicht nur beim preussischen Königshof, sondern auch beim König von Bayern, dem König von Württemberg und dem Grossherzog von Baden akkreditieren solle. werden. Es war die erste Mehrfachakkreditierung der Schweiz überhaupt.
Heer traf am 15. Mai 1867 in Berlin ein und überreichte drei Tage darauf König Wilhelm I. das Beglaubigungsschreiben. Dieser war erfreut, weil er sich schon lange gewünscht hatte, dass die Schweiz endlich Gegenrecht üben würde. Preussen war seit dem Jahre 1805 mit einer offiziellen Gesandtschaft in der Schweiz vertreten, auch wenn die zuständigen preussischen Diplomaten zumeist keinen Wohnsitz in der Schweiz hatten. Die Aussenpolitik wurde damals über Neuenburg, das gleichzeitig Mitglied der Eidgenossenschaft und Besitz des preussischen Königs war, und das mit ihm verbündete Bern abgewickelt.
Die Geschichte der Schweizer Vertretung in Deutschland ist bewegt, aufgrund der turbulenten Geschichte. Die Gesandtschaft in Berlin bestand bis 1945, nach dem Zweiten Weltkrieg kümmerte sich die Heimschaffungsdelegation um rückkehrwillige Schweizer und die in Berlin ansässigen Landsleute. Die diplomatische Vertretung wurde 1949 in Bonn (Vertretung in der BRD) eingerichtet und war von 1957-1977 zwischenzeitlich in Köln angesiedelt, danach bis 1999 wieder in Bonn. Die Schweiz errichtete 1973 auch in der DDR eine Botschaft.
Seit 1999 ist die Schweizerische Botschaft in Berlin am Spreebogen zu Hause. Das Gebäude kaufte die Schweiz vor knapp 100 Jahren (1919). Am Ende des Zweiten Weltkriegs wurde das Quartier praktisch vollständig zerstört, das Gebäude der Schweizer Vertretung überstand diese Zeit bemerkenswerterweise nahezu unbeschadet. Nach dem Krieg stand es in unmittelbarer Nähe zur Mauer und damit als einsamer Monolith im Niemandsland. In dieser Zeit versuchte die Schweiz mehrmals erfolglos, das Gebäude an dem damals unattraktiven Standort zu verkaufen. Erst nach der Wiedervereinigung und dem Entscheid der Bundesregierung, Berlin wieder zur Hauptstadt zu machen, kam wieder Leben in das Umfeld der Botschaft.
Über konsularische Vertretungen verfügte die Schweiz in Bremen, Hamburg und Leipzig bereits vor 1867. Als der moderne Bundesstaat 1848 entstand, verfügte die Schweiz über zwei diplomatische Vertretungen: in Paris und in Wien, danach folgten Turin und Florenz. Zum 150-jährigen Jubiläum der Vertretung in Berlin gibt die Botschaft in Deutschland eine Broschüre (PDF, 24 Seiten, 3.1 MB) heraus.
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