Dans le cadre des travaux menés depuis 2012, des nouveaux modes de gestion ont été développés, testés et ensuite formalisés dans un règlement d'eau commun aux trois ouvrages hydroélectriques présents sur le cours d'eau: Le Châtelot, le Refrain et La Goule. Ce nouveau règlement d'eau a été signé par le Préfet du Doubs, Raphaël Bartolt et le Directeur de l'Office fédéral de l'énergie Benoît Revaz. La cérémonie de signature s'est déroulée au bord du Doubs à Biaufond.
Le règlement d'eau renforce le principe de coordination de la gestion des trois aménagements et adapte leurs modalités de gestion, afin d'apporter des solutions réelles aux problématiques identifiées. Ainsi, les mesures d'exploitation définies portent sur la limitation de l'échouage et du piégeage des espèces piscicoles, ainsi que sur la protection des frayères et des alevins pendant une période dite sensible entre le 1er décembre et le 15 mai.
Avec l'entrée en vigueur du règlement d'eau, un monitoring des mesures est également mis en place afin d'étudier les effets à moyen terme des décisions prises. Cela permettra d'évaluer au bout de 5 ans l'efficacité du nouveau mode de gestion et de prendre le cas échéant les mesures complémentaires nécessaires.